從稀土開采到最終應用大概可分為幾個環節：選礦-分離-深加工-應用。一般意義上的深加工是指“深加工到應用”的環節，也有一些觀點將“分離”技術中的高端提純和回收應用也歸納到深加工環節。
選礦和分離環節是造成污染最大的環節。
目前開采主要采用原地浸礦法，即直接從山上鉆孔，將化學藥劑通過孔灌入山體，再將稀土從山體中提取出來。雖然這樣可以保護地表40%～60%的植被，產生的尾砂也很少，但仍是兩三米挖一個洞，有毒溶液長期殘留地下，對地下的污染程度更深，時間更長。
冶煉分離環節對環境也有很大的污染和破壞。據測算，生產1噸稀土氧化物要消耗7噸左右的強酸，稀土行業每年產生的廢水量達2000多萬噸，其中氨氮含量300mg/L～5000mg/L，超出標準十幾倍至上百倍。
據業內人士介紹，稀土行業真正具有高附加值的鏈條是終端產品，大量稀土粗級產品出口國外，一定程度上也是把稀土資源的效益留在了國外，但是，環保的高昂代價卻要由國內來承擔。
據贛州市委書記史文清近期透露，贛州累計開采稀土25萬噸，占全國的70%。稀土開采留下了大片廢棄礦山及環境污染，大致估算，贛州治理稀土開采所帶來的污染需要投入380億元來治理。
380億元的治污費用，是江西省稀土行業2010-2011兩年總利潤的四倍多。在2009年前，我國稀土行業一直利潤微薄，直到2010年稀土價格大漲，稀土行業才開始掙錢。這也意味著，整個江西稀土企業幾十年的利潤，都遠遠填補不了380億這個巨大的治污黑洞。
中國稀土再豐富，終究還是一個不可再生的資源。加大力度研發稀土的深加工技術，將稀土資源加工成終端產品以后再賣出去，才是真正把資源變成了中國的。
我國的稀土氧化物年產量長期占全球總產量80%以上。與國土資源部每年發布的指令性生產指標相比，每年超額開采量均超出指令性生產指標的50%以上，亂挖濫采現象十分嚴重。由于過度開采，盲目競爭，稀土出口一度賣成了“白菜價”。在過去10多年里，我國站在稀土資源的最上端，但沒有取得稀土的定價權。2005年，中國稀土年出口量比1990年漲了9倍，但價格卻下降了55%以上。
由于中國稀土價格低廉，很多國家停止了本國稀土的開采，建立起戰略資源儲備制度，轉而從中國大量進口。美國、俄羅斯、澳大利亞的稀土儲量分別占世界的13%、19%和3.6%，但其產量卻均為零。日本也是中國稀土“賤賣”的直接受益者之一，有報道稱，日本所用稀土資源的87%來自中國。
目前國家已開始意識到這一問題，在工信部近期出臺的《新材料科技“十二五”發展規劃》特別提出，要以提高稀土新材料性能、擴大高端領域應用、增加產品附加值為重點，充分發揮我國稀土資源優勢，壯大稀土新材料產業規模。
