當前，全球漁業資源由于過度捕撈、近海陸源污染及全球氣候變化的原因，面臨嚴重威脅，臺灣海峽也不例外。自古以來，臺灣海峽就是兩岸漁民共同作業的海域，其中的漁業資源是兩岸人民共同的財富。然而，近幾年臺灣海峽的海洋漁業資源有日益衰退與枯竭的趨勢，逐漸成為兩岸關注的焦點。

　　其實早在1995年，兩岸的專家學者就已經對如何聯手開展海峽漁業資源的養護問題進行了探討。但是由于種種原因，直至2003年12月才舉行了“臺灣海峽漁業資源可持續利用研討會”，研討會由福建省水產研究所、廈門大學、福建省海洋研究所主辦。臺灣方面則有臺灣海洋大學李國添校長率團參會。會上兩岸專家發表了論文，并簽訂了相關協議書。

　　此后，兩岸學者一直保持著有關保護漁業資源各方面的交流合作。2008年10月31日，臺灣海洋大學在金門召開“第三屆臺灣海峽漁業資源共同養護管理研討會”，參加會議的專家學者有大陸政府官員和專家，也有臺灣的海洋漁業主管部門、縣市政府的官員以及專家學者，共40多人。由于大環境的改善，兩岸關系的緩和，兩岸的漁業合作產生了積極的成效，多項便民利民的措施陸續實施，兩岸專家對于海洋環境保護的各種意見和建議，不再局限于紙上談兵，在雙方的共同努力下，開始將兩岸的漁業合作真正提升到了新高度。

　　然而，兩岸漁業合作之路還很漫長、曲折，雖然兩岸都在采取各項漁業資源的保育及管理措施，制定了相關的法律法規，但由于分隔分治，各項漁業資源的養護及管理措施并沒有實施一致的協調行動，這就使得養護管理無法同步。參加兩次會議的福建省水產研究所副所長戴天元研究員認為，兩岸如果能繼續深入的進行合作，一步一腳印地實行相關協議，拿出一些實際的對海洋環境和漁民生產生活有幫助的措施，就能為兩岸漁民帶來實實在在的好處，為保護臺灣海峽漁業資源做實事。