臺灣《中央網絡報》30日報道，上任以來即爭議不斷的臺當局“教育部長”吳茂昆，已向臺當局“行政院”請辭獲準，任期只有40天，成為臺灣最短命的“教育部長”。不過，吳雖去職，但他涉嫌“違法”赴大陸擔任中科院顧問、侵占東華大學綬草專利權、詐領東華講座獎助金等三大案，仍由檢方偵辦中，爭議未解。

　　對此，該報發表評論表示，辭職后，吳茂昆一如前任的潘文忠一樣，發表一篇書面聲明，透露了若干蹊蹺。吳在聲明中循例諉過于國民黨“立委”，稱其遭受污蔑與羞辱，并對他在陳水扁當局任內擔任臺灣“國科會主委”時，曾“違法”赴大陸參加會議一事特別說明，可見非常在意。

　　至于被告發的三大案，吳茂昆并未在聲明中再做辯解，但縱使被指證多項案情，他仍不認為自己有什么不對。目前，臺北地檢署正在積極偵辦，吳卸任后就要面對司法傳訊，事情的發展端看檢方能否排除干擾，秉公辦案。

　　值得注意的是，吳茂昆在“教育部長”任內，引發外界爭議最大的拔除臺大校長當選人管中閔之舉，聲明內只是用“學術誠信”等空泛的理由，并未采用“法務部次長”蔡碧仲指管中閩擔任臺灣大公司獨董，未經臺大回函同意就上任作為理由。

　　事實上，之前臺當局“教育部”采用蔡碧仲的見解，不發給管中閔臺大校長聘書，法界就有不同的看法，認為蔡的觀點不夠嚴謹，未必能被法院接受。也因此，“教育部”回函給臺大時，只用“行政指導”的說法，而非行政處分，試圖規避行政訴訟。

　　不過，吳茂昆既已立下大功，阻止了管中閔就任臺大校長，如今蔡當局卻準其辭職，顯然：一是吳違法事證明確，檢方正在偵辦中，民進黨挺不住了；二是“拔管”系高層決定，吳已完成任務，后續換人處理即可；三是年底選舉將屆，吳繼續干下去，怕壞了綠軍選情。