針對南海議題，臺灣陸委會14日表示“涉及領土問題不與任何一方合作”。中評網15發表評論指出，南海仲裁案結果出爐后，有論者認為南海是兩岸的“機會之窗”，而陸委會的這個表態，等于否定兩岸未來聯手的可能，朝兩岸南海合作潑了一盆冷水。

　　文章說，南海仲裁結果讓蔡當局處境尷尬艱難，一方面美日不把蔡當局當回事，只當棋子使；另一方面蔡當局又要繼續仰仗美日撐腰，熱臉再貼冷屁股。蔡拒南海合作，說明蔡未能痛定思痛，努力跳出“統獨”意識形態窠臼；蔡也未能看清大陸崛起的大勢，放眼長遠，為臺灣找尋新的出路。

　　國民黨前“立委”邱毅認為，蔡當局在民怨風頭過去后，還是會乖乖順從美日，做其遏制攻擊大陸的棋子或馬前卒。我們認為，歷經這次太平島變“太平礁”的沖擊，蔡當局如不改“親美遠中”路線，勢將遭遇更多的質疑及阻力。

　　大陸智庫人士曾直言，蔡當局未來若在南海問題上跟著美國走，不只將進一步惡化兩岸關系，更可能被大陸視為具有“臺獨”傾向。兩岸聯手保衛南海的窗口稍縱即逝，蔡當局若沒有抓住，兩岸“冷對抗”還將繼續下去。

　　“今天假定不能好好處理南海問題，將來臺灣前途渺茫。”臺灣退役少將蔡鋒說出現實、道出臺灣很多人的憂心。“這是有歷史見證的”，就怕蔡當局視而不見。