當(dāng)選后，羽翼未豐的他表面上十分“尊李”，在人事安排、政策路線等方面給足了李登輝面子：陳水扁選拔的“外交部長(zhǎng)”田弘茂、“陸委會(huì)主委”蔡英文和“國(guó)防部長(zhǎng)”湯曜明等，都是李登輝的愛(ài)將；而在大政方針上，陳水扁也堅(jiān)持李登輝的“戒急用忍”大陸政策。李登輝以“臺(tái)獨(dú)教父”自詡，而陳水扁也以“臺(tái)灣之子”自居，兩人在政治理念上形成“父子”關(guān)系。

　　李登輝、曾文惠夫婦的獨(dú)子李憲文壯年早逝，一直是夫婦倆多年來(lái)的隱痛。2001年扁登門拜會(huì)李。當(dāng)扁得知自己與李憲文同年，便主動(dòng)向曾文惠說(shuō)：“你們可以把我當(dāng)作自己的兒子。”李登輝夫婦聽后相當(dāng)感動(dòng)。李登輝特別號(hào)召國(guó)民黨本土勢(shì)力，另組臺(tái)聯(lián)黨為扁“鞏固政權(quán)”。2004年臺(tái)灣地區(qū)領(lǐng)導(dǎo)人選舉時(shí)，在民進(jìn)黨組織的“牽手護(hù)臺(tái)灣”的造勢(shì)活動(dòng)中，已81歲高齡的李登輝賣力為扁輔選，大大拉抬扁連任選情。

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