馬英九“特別費案”2007年2月13日偵結，臺北地檢署依“貪污治罪條例”中“利用職務機會詐取財物”將馬英九起訴，前臺北市政府秘書余文被依貪污及偽造文書罪起訴。此外，廖鯉、李克齊、孫振妮、方惠中、張鈞綸等當時的臺北市政府員工，則獲緩起訴處分。
臺北地院2007年8月14日一審宣判馬英九無罪，余文判應執行有期徒刑2年4個月，減為有期徒刑1年2個月。檢方不服一審判決結果提起上訴。二審10月初開始審理后，經過3次開庭，在11月30日辯論終結，12月28日宣判馬英九無罪。臺“高檢署”2008年1月9日決定對馬英九“特別費案”提起上訴。（高大林）
