根據《協議》，兩岸同意在民事、刑事領域開展協助，采取措施共同打擊雙方均認為涉嫌犯罪的行為，重點打擊涉及綁架、槍械、毒品、人口販運及跨境有組織犯罪等重大犯罪，以及侵占、背信、詐騙、洗錢、偽造或變造貨幣及有價證券等經濟犯罪。相互協助送達司法文書、調查取證、罪贓移交，認可及執行民事裁判與仲裁裁決，移管被判刑人。
清華大學法學院院長王振民表示，《海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議》是兩岸司法主管部門之間第一份綜合性合作協議。其主要內容涵蓋了民商法與刑法的全部司法過程。他說：“《協議》的簽署是兩岸互信與共識積累到一定程度的結果，將對雙方在經濟、民事等各領域的交流交往起到保護、促進和規范作用，將為兩岸關系和平發展保駕護航。”
自1987年以來，兩岸交流交往日益頻繁，達到相當的規模。但由于兩岸司法機關沒有建立正式合作機制，為不法分子或犯罪嫌疑人潛逃并藏匿對岸提供了機會。近年來，一些黑社會性質的跨兩岸犯罪團伙更利用兩岸治安防治無法對接之機，大肆實施拐賣、販毒、洗錢、走私、詐騙等極端惡劣的犯罪行為，嚴重危害了海峽兩岸同胞權益，破壞了兩岸社會和諧。
兩岸共同打擊犯罪早在開啟兩岸交流之初就已提上議事日程。1990年9月，兩岸分別授權雙方紅十字組織于金門簽署了關于遣返私渡者和刑事犯罪嫌疑人的“金門協議”。截至今年1月，根據“金門協議”，兩岸紅十字組織共同實施雙向遣返作業212批，雙向遣返38936人。其中，大陸向臺方遣返非法入境人員、刑事犯、刑事嫌疑人91批366人。
“但‘金門協議’僅僅是有關遣返問題的單項協議，而且兩岸在實施遣返作業時須通過民間機構，兩岸司法部門本身并沒有建立直接聯系。”王振民表示。此外，由于協議的內容所限，兩岸在聯合打擊犯罪過程中取證難、執行難、公證程序繁復、兩岸警方難以聯合行動等問題則一直難以解決。
“《海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議》的重要的意義首先在于它的綜合性。”王振民說，這份協議明確規定了雙方主管部門廣泛而具體的合作內容，包括共同打擊犯罪、司法文書的送達、調查取證、判決書的互相認可、罪犯的移交等。
其次，王振民認為，此項協議的簽署，使兩岸司法主管部門建立了直接、正式以及制度化的業務合作關系，意味著兩岸司法機構更深層次合作的開始。
“盡管過去兩岸已經在共同打擊犯罪方面積累了一定的經驗，但往往采取‘特事特辦’的個案解決模式，限制了雙方共同打擊犯罪的力度和辦案效率。”王振民說，協議簽署后，兩岸司法機關和警方將各自指定專人與專門機構建立聯系機制，實現司法溝通的常態化。
《協議》的簽署得到了島內法律業者和民眾的積極評價。多年從事兩岸司法咨詢工作的島內知名律師許文彬表示，近年來島內民眾對貪腐、詐騙等重大經濟犯罪行為的查辦十分關注，《協議》將兩岸共同打擊犯罪的領域從刑事犯罪領域擴展到經濟犯罪，符合臺灣同胞的期待。
根據臺灣當局兩岸事務主管部門近期的民意調查顯示，有79．6％的民眾贊成兩岸協商共同打擊犯罪并簽署協議。
臺灣問題專家、北京聯合大學教授徐博東認為，此次兩會簽署《海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議》是兩岸關系發生重大變化的標志之一。他認為，這一協議就兩岸在司法領域的合作方式與合作內容做了制度化規定，但并不涉及任何政治色彩，因此在任何情況下都能適用。
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