據臺灣《中國時報》報道，臺“國防部長”楊念祖閃辭，朝野“立委”聞訊大呼不可思議。有“立委”懷疑，楊請辭真正原因與軍方內斗有關，楊會這么快就請辭，“恐怕是他對軍中即將展開的內斗風暴已了然于胸！”

　　楊念祖涉抄襲早有跡可循，民進黨“立委”管碧玲上周就曾質疑該論文原作者Richard Fisher是國際知名學者，也是美國知名智庫學者，大陸學者翻譯成中文，楊再改為繁體字，“一字不漏的部分大概多達三分之二。”管碧玲說，楊念祖論文抄襲之所以會“漏餡”，主要是因楊的文章中使用了一些大陸習慣使用的用語，例如“信息戰”，而非寫島內一般慣用的“資訊戰”。

　　國民黨“立委”直言，此事將“徹底打垮軍中士氣”。“臺聯黨團”總召許忠信說，昨上午協商現場，楊臉色不是很好，也都不講話，好像壓力很大、心事重重的樣子。協商完畢后，楊也都沒有說話，面色鐵青。

　　許說，楊念祖是文人部長，壓不住軍中派系，他認為是派系準備拿論文抄襲丑聞逼退楊念祖，馬、江一定要處理軍中派系的問題。

　　“綠委”蔡煌瑯也質疑，論文抄襲應只是表面理由，強烈懷疑是軍方內部的斗爭，畢竟抄襲仍尚待查證及認定，這次應是軍方背后有人運作，要讓非軍職出身的楊念祖下臺，且對他未能擋下軍法制度改革的反撲，整個人事鬧劇將重創馬英九行政團隊跟臺軍形象。