6天之中連換兩個“國防部長”，這是臺軍史無前例的事。這將對馬英九產生怎么樣的沖擊和影響？
臺灣時事評論員邱毅表示，楊念祖下臺最根本的原因是鎮不住臺軍的反彈與內斗，也表明作為“三軍統帥”的馬英九領導威信盡失，根本鎮不住軍隊�！榜R英九現在可以說是比6年前的陳水扁還慘，陳水扁那時雖然政治上極其被動，但軍中還沒亂。但現在的馬英九，面臨的是軍中亂套，領導威信到此地步，其結果可以肯定的是，政令出不了‘總統府’�！薄熬退銞钅钭嫦屡_的原因只是‘書籍涉及剽竊被人檢舉’，對馬英九來說也是非常嚴重的事情。”邱毅說，“三軍統帥”任命“國防部長”是非常嚴肅的事情，如果連論文剽竊這類小事都了解不清楚，說明馬英九的“安全系統”完全失靈，馬英九也把“國防部長”的任命當“兒戲”。臨陣易將，兵家大忌。由此可看出馬英九用人已步伐凌亂，預示他在軍、政領導上全面跛腳。
臺灣時事評論員黃創夏認為，從洪仲丘案引發的風波，到現在楊念祖上任6天就下臺，“后馬時代”真正啟動。馬英九領導全面失控，會讓接班競逐快速浮上水面且迅速加劇。
臺灣軍事評論員田金麗表示，兒戲般的“國防部長”人事風波，對內重創臺軍士氣，對外則讓馬英九權威掃地。而這一連串的決策失誤，馬英九此番能否及時修補？田金麗也并不看好。她分析認為，馬英九雖然沒有慰留指揮不動臺軍的楊念祖，而是選擇讓高廣圻暫代，但“暫代”二字同樣頗有玄機。田金麗認為，在“國防部長”人選上屢屢決策失誤，馬英九的根本問題就出在從未認真關切、了解過臺軍�！�
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