臺灣當局推動建立兩岸軍事互信機制轉趨保守，有學者分析，除了兩岸缺乏政治互信，臺灣內部缺乏共識也是原因，但主要原因在于馬英九擔心美國將因此減少、甚至中止對臺軍售，因此改變立場。
臺灣《聯合報》報道，美國喬治華盛頓大學的席格亞洲研究中心27日舉辦研討會，討論兩岸建立軍事互信，邀請“戰略暨國際研究中心”研究員葛來儀、“史汀生中心”東亞研究室主任容安瀾和臺灣淡江大學戰略所副教授李大中等人與會。
李大中表示，臺灣從1990年代就提出建立兩岸軍事互信機制的構想，大陸也多次提出類似建議，但至今未取得進展，“主因在于兩岸政治互信不足”。
李大中指出，和以往相比，目前臺灣討論建立兩岸軍事互信機制相對保守，因為這項議題復雜且具政治敏感性，臺灣內部缺乏共識;加上兩岸對此設定的目標也不同，大陸認為這是促成兩岸統一的重要因素，臺灣則著重其功能性，且認為不應做為政治談判的前提。此外，當局不希望美方認為臺灣過度“傾中”，還牽涉軍售議題，因此立場轉趨保守。
葛來儀則指出，馬英九在連任前支持兩岸簽署和平協議和建立軍事互信機制的可行性，選后立場卻明顯轉變，除了內部缺乏共識，最重要的是“美國因素”，因為馬英九擔心美國將減少、甚至中止對臺軍售。
此外，馬英九認為“北京想利用軍事互信機制讓臺灣更不安全、傷害臺灣的利益”，因為大陸始終不愿意減少對臺灣的軍事威脅。加上馬英九認為兩岸應先簽署和平協議再談軍事互信，因為在缺乏政治互信前提下，討論軍事和安全議題太不成熟，但目前簽署和平協議的時機還太早。
葛來儀說，北京認為軍事互信機制的目的在建立互信，以達到統一的目標，北京無意讓現狀長久化，但臺灣目前仍希望“維持現狀”，造成兩岸間極大差異。
