臺灣方面一直把WHA看得很重。據臺媒報道，蔡英文的“準閣揆”林全特意在首波人事任命中宣布林奏延“5·20”后擔任“衛福部長”，就是為了便于他參加WHA。馬英九日前接受新加坡《海峽時報》專訪時說：“臺灣到現在還沒有收到邀請函，這個議題恐怕是敏感中的敏感，可謂是重中之重”。他還表示，臺灣2008年以前連續多年都沒有辦法參加WHA，2009年能夠參加，最主要的差別在于，臺灣與大陸就兩岸共同的政治基礎“九二共識”達成一致意見。

　　“大陸不是打臉馬英九，是對蔡英文釋放訊號!”臺灣《旺報》評論稱，去年“習馬會”與今年臺灣“大選”以后的兩岸關系，真像是一場火與冰的對比，換場之快，令人瞠目結舌。大陸與岡比亞復交、肯尼亞的臺灣詐欺嫌犯被強行送押大陸、臺灣代表參與比利時國際鋼鐵會議被拒、臺北到目前為止還沒有收到WHA的邀請函、大陸觀光客開始減少……兩岸關系已經不是一葉知秋，而是即將進入凜冽的寒冬。文章稱，民進黨認為北京對馬英九政府8年的“傾中”沒有送上任何賀禮，反而以“打臉”送行。國民黨認為這是因為北京已經預期到蔡英文不會接受“九二共識”，而用“敬酒不吃吃罰酒”的預防性警告措施來為民進黨迎新。

　　島內輿論還擔憂，WHA只是一個風向標，若蔡英文處理不好兩岸關系，臺灣的“國際空間”會越來越窄�！堵摵蠄蟆贩Q，臺灣能否繼續參加9月國際民航組織大會以及11月APEC秘魯年會，我方代表層級會否受到北京“政治力干擾”，目前來看，都仍存有相當變量�！耙徽探又�一仗”，是蔡英文眼前的險峻局勢。如何既能維持和緩的兩岸關系，又能爭取“國際空間”，考驗蔡英文能否有足夠的政治手腕及智慧。

　　一些綠營人士對此缺乏足夠的認識，或者寧愿“有所犧牲”也不打算放棄“臺獨”立場。臺灣“準行政院發言人”童振源3日就未收到WHA邀請函一事稱：“我們相信并且主張，臺灣在包括世衛組織在內的國際參與，必須是有意義、全面性、有尊嚴地參與，臺灣人民健康與充分參與國際的權利不應該受到任何理由的剝奪。”“值得為WHA邀請函承認‘九二共識’嗎？”綠營媒體《自由時報》以此為題刊發的一篇文章鼓動稱，馬英九驕傲的所謂“國共合作的臺灣WHA參與”，意義其實是“打壓臺灣主權與尊嚴”。新政府有沒有必要為參與WHA而參與，并不惜承認“九二共識”�！经h球時報駐臺北特約記者 胡又中 環球時報駐美國特約記者 李勇 環球時報記者 崔杰通】