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據臺灣媒體報道，這座號稱全世界第一座水產生物種原庫完工后，將對澎湖地區特有、高經濟性水產生物進行棲地保種、育種，推動產學合作商業化量產，并計劃研發海洋生物復制科技。
據臺“農委會”水試所澎湖海洋生物研究中心主任蔡萬生說，水產生物種原庫主要功能是借著研發高科技技術，保留海洋中特有、高經濟價值及珍貴水產生物的精子進行育種，這種“優質海洋生物精子銀行”因為技術難度高，目前世界上沒有人愿意嘗試。
此外，據了解，澎湖支庫同時引進“棲地保存”的觀念：大量繁殖優質魚苗后，放回具封閉地域性的青灣海域讓它們自然覓食、繁殖，等到繁殖數量“滿溢”，這些生物就會游到其它海域繁殖，達到復育效果。
