臺檢方近日以貪污重罪起訴涉嫌以“假發票”違法報銷研究經費的部分大學教授，在島內引發激烈爭論。一邊是臺司法機關強調反貪“沒有模糊空間”，另一邊卻有不少學者指責此舉是“侵害學術自由”，更有人擔心可能造成人才流失。臺灣《中國時報》的評論稱，臺灣社會對學者已經夠寬容，學者更應嚴于律己，“別再怪東怪西，就是不會怪自己”。
據臺灣《聯合報》、《中國時報》7日報道，臺灣彰化地檢署日前起訴了包括12名教授和副教授在內的研究人員及部分廠商負責人、業務代表等，指控這些人涉嫌與合作廠商勾結，通過不實發票或虛報器材金額，向“國家科學發展委員會”等部門核銷研究經費。彰化地檢署檢察官表示，相關涉案人員交代不清的金額從近3萬元(新臺幣，下同)至70余萬不等，如果被告在審理期間能提出證明確認流向不明的金額用在研究計劃或繳回不法所得，檢方將建議給予緩刑。與此同時，臺南與臺北等地檢署目前也在偵辦類似案件，有辦案人員透露，臺北和臺南檢調單位偵辦的涉案人數恐怕遠多于彰化檢方，至少有120多名研究人員涉弊，令大學校園彌漫不安氣氛。
對于島內學術界爆發如此大規模的涉弊案件，臺教育部門和單位立即出面求情，希望從寬處理。島內部分知名大學校長紛紛解釋稱，許多教授用“假發票”報賬是因制度僵硬、缺乏彈性使然，學者不得不便宜行事，以貪污罪起訴會打擊教授士氣。臺灣大學校長李嗣涔還規劃發動聯署，呼吁檢方查清款項是公用或私吞，并宣稱如果對涉案教授都以貪污罪起訴，對于將經費公用的教授來說并不公平。還有部分學者質疑檢方的起訴“罪刑是否相符”，宣稱學術研究根本不具任何公權力行使的特性，檢方只因學者領取“政府補助”就將學者比照公務員法辦，是“侵害學術自由”。6日，臺“中研院”院長翁啟惠、“教育部長”蔣偉寧及“國科會”主委朱敬一發表聯合聲明，呼吁檢調“刀下留人”，指出研究卓越的教授通常不可能將時間精力投注在報賬細節上，同時科研采購也不適用公務采購法令，希望檢方進一步了解具體情況，從輕量刑。聲明還強調，這不僅是他們共同的期待，背后是數千位研究者共同的無奈，如果檢方堅持從嚴辦理，“以后學術審查會只能在監獄開了”。
臺檢方卻并不為外界的壓力所動。彰化檢方表示，學界認為依貪污罪起訴太沉重，事實上檢方已經是非常“禮遇”學者了。早在去年展開偵查行動前，檢方就專門開會確定“不要殃及無辜”的辦案原則。現在這些被起訴的教授都是被發現所涉金額說不清用途也無單據才依法起訴的。臺“檢察總長”黃世銘表示，教授用公款購買與研究無關的私人物品，再以不實單據核銷，就構成利用職務詐取財物的貪污罪，沒有模糊空間，檢方此舉不是要打擊學術界，而是法律規定就是如此。教授以不實單據核銷采購品項，若未中飽私囊，檢方將以較輕的偽造文書罪從寬論處；如有人申請采購精密分析儀卻買液晶電視等私用，自然要依貪污罪究責。
有島內法律界人士認為，這些教授充其量只能算是欺詐、偽造文書，因為他們不見得具有公務員身份，不能依貪污罪論處；檢察機關應與各部門討論出具體方向，讓“國科會”等機關未來補助研究時定一些“彈性空間項目”，讓學界不必為了按照核銷流程而不得不使用不實單據。還有島內輿論認為，即使是制度有錯，學者缺反省能力也該受到處罰。臺灣大學名譽教授劉廣定表示，學術研究的重要原則包括講求誠實道德、遵守規則約定，這也是大學教授應有的態度。做不到有失師表身份，也算不了“學術人才”，其研究成果價值且可懷疑。還有部分民眾批評說，假如法律因為教授們的社會地位、學術資產和聽起來理直氣壯的“冤”聲載道而網開一面，令人擔心的是法律公平正義何時才不再受人質疑。
