據臺灣“中央社”報道，媒體報道，臺灣聯合大學系統無法可管，人事與經費也不受限制，形成高教體系漏洞。臺當局“教育部”澄清，訂有“大學系統組織及運作辦法”，人員由各校現有人員兼任，經費則由各校提撥。

　　“教育部”表示，大學系統的法源來自“大學法”第6條，“大學得跨校組成大學系統或成立研究中心”，“教育部”并訂有相關班法，規范系統主席選任程序、委員會任務、經費來源等。并非如媒體報道，無法可管。

　　人員部分，“教育部”規定總校長或主席，必須由系統內各校人員兼任，報“教育部”或所屬“地方政府”核準后聘用。經費也由各校提撥，按照既有會計系統管控和核銷。

　　至于媒體報道質疑，臺灣“中央研究院”院士曾志朗已接近70歲卻仍擔任臺聯大系統總校長�！敖逃�部”表示，大學系統不算“教育部”所屬各級學校，因此不適用“教育人員任用條例”大學校長65歲以下限制。