阿里山森林鐵路27日中午發生小火車翻車事故后，臺灣當局領導人馬英九當天晚間在其個人網志上寫道：“阿里山森林小火車今天中午發生翻覆事故，造成重大傷亡。我個人內心非常沉痛�！薄罢埓蠹乙黄馂橥甙У�，為傷者祈福�！�
他表示，已指示行政部門全力搶救�！拔覀兿ＭM快救助傷者，將傷害減低到最小，并找出事故原因。”
27日下午2時，國民黨召開中常會，黨主席馬英九出席。在獲悉事故發生后，他特別向中常會告假，返回辦公室了解相關情況。
臺灣行政機構負責人吳敦義28日對事故罹難者表示哀痛之意，對受傷者表達“最大慰問”，并要求“農委會”等相關機關，妥善處理罹難及受傷者家屬撫慰及善后事宜。
臺灣當局兩岸事務主管部門負責人賴幸媛在事故發生后，對造成大陸游客傷亡“深表難過與遺憾”，責成海基會與海協會保持密切聯系，并派相關人員到嘉義探視受傷大陸游客，派員進駐當局災害應變中心，密切注意相關情勢發展，隨時因應。她表示，對于傷者，臺灣方面一定會提供最完善的醫療及照護，對于罹難者也會盡全力協助家屬處理善后事宜。
臺灣觀光主管部門負責人賴瑟珍同日表示，翻車事故對阿里山地區觀光“難免會有影響”，希望事故調查能公開、透明，降低對大陸游客來臺觀光的沖擊。她認為，這一意外不會影響開放大陸居民來臺個人游進程。
臺灣出入境管理部門也表示，將為傷亡的大陸游客家屬、承辦相關業務的大陸旅行社人員等來臺處理善后事宜，緊急加發入出境許可證件。（記者陳斌華）
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