國民黨的黨務組織架構主要分中央、縣市(包括直轄市)、區級黨部三級。國民黨以“全國代表大會”為最高權力機構，閉會期間中央委員會行使職權，中央委員會閉會期間由中央常務委員會執行職權。2000年3月下臺，國民黨為“浴火重生、從零開始”，于2000年6月后開啟了黨務改造工作，改造后的組織架構主要為：
 

　　(一)“全國代表大會”　為該黨的最高權力機關，每兩年召開一次會議，代表任期為4年。主要職權為：修改黨章，決定政綱、政策，檢討中央委員工作，討論黨務與政治議題，同意任命黨主席提名的副主席，通過黨主席提名的中央評議委員，通過黨提名的“總統、副總統”候選人。 

　　(二)主席　國民黨設主席1名，自2001年后改由黨代表選舉產生為全體黨員直接選舉產生，任期4年，連選可連任一次。2001年3月，國民黨首次舉行黨主席由黨員直選活動，現任黨主席連戰以高達97.09%的得票率當選。主席綜理全黨黨務，為“全國代表大會”、中央委員會及中央常務委員會的主席，在主要決策上擁有最后的決定權。另外，國民黨可提名數名副主席，經“全國代表大會”同意任命。原來國民黨共有6名副主席，2005年的“十七全”只保留了4個副主席。

　　(三)中央委員會　中央委員會置委員210人，候補委員105人，由“全國代表大會”選舉產生，任期4年。中央委員會主要執行“全國代表大會”的決議，并對外代表該黨，討論及處理黨務與政治事項，選舉中央常務委員等等。中央委員會設有秘書長1人，副秘書長1-3人，主要黨主席提名、中央委員會通過任命。秘書長直接掌管中央委員會屬下的各個機關，在國民黨的決策機構中具有相當的影響力。
 

　　中央委員會下面設置政策、組織發展、文化傳播、行政管理4個委員會及“國家發展研究院”、投資事業管理委員會、考核紀委委員會三個直屬運作單位。 

　　中央委員會閉會期間由中央常務委員會執行職務，是國民黨的最高決策機關，舉凡黨政的重大決策和決議，均在此會議中決定。中央常務委員會置常務委員31人，下臺后改由黨主席指定為中央委員會委員互相票選產生，并隨著“立法院”黨團在黨內決策地位的提高，“立委”在中常委中所占的比例越來越高，占半數左右。 

　　(四)中央評議委員會　它是國民黨的咨詢機構，其成員由黨主席聘任，提請“全國代表大會”通過或追認。中央評議委員以會議方式行使職權，置主席團主席若干人，主持會議。 

　　(五)地方黨部　國民黨由于歷史悠久，加之長期執政，在各地都設立了綿密的地方黨部與基層組織。