《海峽兩岸關(guān)系協(xié)會(huì)章程》規(guī)定，海協(xié)會(huì)以促進(jìn)海峽兩岸交往，發(fā)展兩岸關(guān)系，實(shí)現(xiàn)祖國和平統(tǒng)一為宗旨。為實(shí)現(xiàn)上述宗旨，海協(xié)會(huì)致力于加強(qiáng)同贊成該會(huì)宗旨的社會(huì)團(tuán)體和各界人士的聯(lián)系與合作；協(xié)助有關(guān)方面促進(jìn)海峽兩岸各項(xiàng)交往與交流；協(xié)助有關(guān)方面處理海峽兩岸同胞交往中的問題，維護(hù)兩岸同胞的正當(dāng)權(quán)益。海協(xié)會(huì)還可接受有關(guān)方面委托，與臺(tái)灣有關(guān)部門和授權(quán)團(tuán)體、人士商談海峽兩岸交往中的有關(guān)問題，并可簽訂協(xié)議性文件。

    理事會(huì)為海協(xié)會(huì)最高權(quán)力機(jī)構(gòu)。上海市原市長(zhǎng)汪道涵１９９１年１２月當(dāng)選為海協(xié)會(huì)首任會(huì)長(zhǎng)。２００５年１２月汪道涵逝世后，海協(xié)會(huì)會(huì)長(zhǎng)一直懸缺。在３日召開的海協(xié)會(huì)第二屆理事會(huì)第一次會(huì)議上，國務(wù)院臺(tái)辦原主任陳云林當(dāng)選為新任會(huì)長(zhǎng)。

    １９９２年，海協(xié)會(huì)與海基會(huì)在香港就兩岸事務(wù)性商談中如何表述堅(jiān)持一個(gè)中國原則的問題進(jìn)行討論，后來形成“九二共識(shí)”，為海協(xié)會(huì)和海基會(huì)的商談奠定了基礎(chǔ)。

    １９９３年４月，海協(xié)會(huì)會(huì)長(zhǎng)汪道涵和海基會(huì)董事長(zhǎng)辜振甫在新加坡舉行會(huì)談，這是自１９４９年以來兩岸高層人士首次以民間名義進(jìn)行的公開會(huì)晤。這次會(huì)晤建立了兩岸制度化協(xié)商的機(jī)制，標(biāo)志著兩岸關(guān)系邁出了歷史性的重要一步。“汪辜會(huì)談”簽署了《汪辜會(huì)談共同協(xié)議》等４項(xiàng)協(xié)議，推動(dòng)了兩岸經(jīng)貿(mào)往來和民間交流的發(fā)展。此后，雙方又舉行了２０多次不同層級(jí)的商談以及１９９８年在上海舉行的“汪辜會(huì)晤”。這一期間兩會(huì)協(xié)商取得的成果，受到了兩岸同胞的歡迎和國際社會(huì)的肯定。

    １９９９年李登輝拋出“兩國論”后，兩會(huì)商談被迫中斷。